El topónimo o nombre de Fresno proviene del sustantivo latino “fraxinum”, que al perder su sílaba tónica, quedaría fresino y luego en fresno, lo que haría referencia a un lugar que se levantó junto a un gran fresno o que en ese paraje abundaba esa especie de vegetal. Lo del Río se refiere al Río Carrión. 

Fue lugar seguramente ocupado por los vacceos, avanzando por estas tierras hacia el año 750 las huestes de Alfonso I en su colonización. 

A mediados del siglo XIV era señor de Fresno don Juan Alfonso de Alburquerque, opositor de Juan Rodríguez de Linares en el reparto de las behetrías de Castilla,  Juan Alfonso poseyó la vecindad de Saldaña. En el siglo XV se conformaría la Comunidad de Villa y Tierra de Saldaña, incluyéndose en ella a Fresno del Río. 

finales del siglo XVI, Fresno contaba con 23 vecinos, 18 de ellos eran “pedreros”, pagaban pechos o impuestos, tres hidalgos y dos clérigos. 

Mas adelante entre los siglos XVI al XIX los duques del Infantado fueron señores de Fresno, suprimiéndose los señoríos jurisdiccionales en 1837. 

El término de Fresno ha producido a lo largo de muchos años ingentes cantidades de lino y linaza, tenía un hospital para pobres, un pósito etc. 

A finales del siglo XVI Fresno del Río disponía de aproximadamente unos 110 habitantes y a mediados del siglo XVIII, de 42 vecinos o bien 200 habitantes. 

Ya dentro del siglo XIX, entre 1826-1829 Fresno contaba con 62 vecinos, esto es 269 habitantes y a mediados del ese siglo con 208 habitantes.